Το κτίριο της Βιβλιοθήκης αποτελείται από 4 επίπεδα. Στο ισόγειο, βρίσκονται τα βιβλία εξαμήνου, δηλ. τα βιβλία που δανείζονται οι φοιτητές για τις ακαδημαϊκές τους υποχρεώσεις και επιστρέφουν στο τέλος κάθε εξαμήνου. Στον όροφο αυτό στεγάζεται το τμήμα Καταλογογράφησης - Ταξινόμησης και το Γραφείο Πρόσκτησης Υλικού. Σε εξωτερικό γραφείο στεγάζεται το Τμήμα Διαχείρισης Υπολογιστικών Συστημάτων.

Στον 1ο όροφο βρίσκεται ο πάγκος Δανεισμού και οι βιβλιοθήκες της κλειστής συλλογής, καθώς και τα τεύχη των περιοδικών του τρέχοντος και των δύο προηγούμενων ετών. Ακόμα, υπάρχουν ειδικές βιβλιοθήκες όπου φυλάσσονται τα ανάτυπα της Βιβλιοθήκης.

Στο 2ο όροφο βρίσκεται η κύρια συλλογή των βιβλίων ταξινομημένη κατά θεματική κατηγορία. Επίσης, υπάρχει η αίθουσα των multimedia όπως επίσης και το γραφείο της Προϊσταμένης, της Λογίστριας και το Γραφείο Εξυπηρέτησης Κοινού. Ακόμα, εκεί βρίσκεται συλλογή διπλωματικών εργασιών που έχουν εκπονηθεί στο Πολυτεχνείο Κρήτης.

Τέλος, στον 3ο όροφο υπάρχουν βιβλιοδετημένοι τόμοι περιοδικών ετών καθώς και αναγνωστήρια μικρών ομάδων αλφαβητικά στον τίτλο.

Στον 1ο και 2ο όροφο υπάρχουν αναγνωστήρια για το κοινό όπως επίσης τερματικά και προσωπικοί υπολογιστές που χρησιμοποιούνται για την ηλεκτρονική αναζήτηση του υλικού της Βιβλιοθήκης.